सेंट मेरी मिशनची सुरुवात सन २८ जुलै १८९२ मध्ये फा. ओटो व्हाईस होफ्ट या येशू संघीय धर्मगुरुंनी केली. त्याच काळात स्कूल संगमनेरची सुरुवात झाली. फा.ओटो यांचा सुरुवातीचा काळ फार खडतर होता. दुष्काळ, रोगराई, अंधश्रद्धा सर्वत्र पसरलेली होती. त्यात भर म्हणजे सर्व लोक अज्ञानी, अशिक्षीत होते. या लोकांना सज्ञान करावयाचे असेल तर शिक्षणाशिवाय पर्याय नाही, हे त्यांनी ओळखले व शाळा सुरु करण्यासाठी प्रयत्न केले.

तात्या मास्तर पगारे व त्यांचे भाऊ आत्माराम पगारे यांना त्यांनी कनोली गावातून आणले, त्यांना प्रथम शिक्षण दिले, त्यांना इ.७ वी पर्यत शिकविले. त्या काळातील अवघड व्हा. फा.परिक्षा ते पास झाले. यापूर्वी शाळेची जबाबदारी स्वत: फादर घेत होते, ते स्वत: मुलांना शिकवायचे, शिस्त लावायचे. तात्या मास्तर पगारे हे परिक्षा पास झाल्यानंतर त्यांना सेंट मेरी शाळेचे पहिले मुख्याधापक म्हणून नेमण्यात आले व शाळेची जबाबदारी त्यांचेकडे दिली. ते अत्यंत कडक शिस्तीचे होते. काही कारणास्तव त्यांना केंदळ येथे बोलावण्यात आले. त्यानंतर शाळेचे दुसरे मुख्याधापक म्हणून उंबरगावचे जयवंत ओहोळ मुख्याधापक झाले. त्यावेळी स्वत: फादर अंकगणित, भूमिती, व्याकरण, इतिहास हे विषय शिकवत होते.

फा. फ्रान्सिस शुबिगर ये.सं.यांच्या काळात इ. १९२५ साली पहिली तुकडी व्हा. फा. परिक्षेसाठी अहमदनगर येथे पाठविली. त्या सरकारी शाळेला घवघवीत यश मिळाले. फा. शुबिगर सन १९१५ साली संगमनेर आले. संगमनेर मिशनची व शाळेची प्रगती त्यांचा काळात झाली. ते स्वत: कामात बुडून गेले, ते लोकांसाठी अहोरात्र काम करीत होते. आजाऱ्याची सेवा ते स्वत: करीत. स्वत: औषधे देत, त्यांनी शिक्षणाला प्राधान्य दिले. शिक्षक तयार करून वाढविले. मुलींची सोय व्हावी म्हणून सिस्टरांना बोलाविले. त्यांच्यासाठी कॉन्व्हेंट बांधाले. मुला-मुलींसाठी १ली ते ७ वी पर्यंत वस्तीगृह सुरू केले. अनाथाना व विधवांना त्यांनी आश्रम दिला.

संगमनेरमध्ये येशू संघीयांच्या खडतर व त्यागमय अशा मिशन कार्याने खऱ्या अर्थाने संगमनेरमध्ये सामाजिक, शेक्षणिक आध्यात्मिक व आर्थिक क्षेत्रात क्रांतीची बीजे रोवली गेली.

सन १०२५ साली सरकारी परिक्षेत पास झालेले अनेक विद्यार्थी केंदळ, राहता, वळण व सोनगाव इ. ठिकाणी शिक्षक म्हणून सेवेत गेले. सन १९९३ मध्ये फा. शुबिगर व फा. योसेफ स्टार्क यांच्या काळात भास्कर अर्जुन पलघडमल गुरुजी यांची मुख्याधापक म्हणून नेमणूक करण्यात आली. शिस्तप्रिय व गरीबांच केंवारी म्हणून त्यांची ओळख होती. त्यांनी ख्रिस्ती समाज सेवकाद्वारे संगमनेर तालुक्यातील खेडेगावात इ. १ ली तो इ ४ थी पर्यंत २० शाळा सुरु केल्या. फा. जेकब फेलिक्स यांच्या सहकार्याने मिशन मास्तर नेमून सन १९५२ ते १९७० पर्यंत शाळा व्यवस्थित चालविल्या. परंतु शाळांना अनुदान न मिळाल्याने शाळा बंद कराव्या लागल्या. त्यापैकी फक्त अंभोरे येथील शाळा जिल्हा परिषदेने शिक्षकासह ताब्यात घेतली. याच काळात शाळेला सर्टीफाईड स्कूल म्हणून मान्यता मिळाल्याने कोर्टामार्फत रिमांडची सुमारे ३५ मुलांना या शाळेत शिक्षणासाठी परवानगी मिळाली. भास्कर पलघडमल गुरुजींच्या निधनानंतर सन १९७२ मध्ये योसेफ मुन्तोडे गुरुजी हे मुख्याधापक झाले, ते १९८६ मध्ये निवृत्त झाले. त्या काळात फा. कोयलो, फा. बेलसर, फा.ज्यो. ब्राम्हणे यांनी मेनेजर म्हणून काम केले.

जून १९८६ मध्ये सेंट मेरी शाळा प्रजा जागृती संस्थेंत विलीन करण्यात आली. सन १९८६ साली पी.के.साळवे सर यांची मुख्याधापक म्हणून नियुक्ती करण्यात आली. त्यांनी १९९९ पर्यंत सेवा कार्य केले. या काळात फा.सिक्स, फा. डोनेट स्लप्सीस, फा. आल्फीबेन, फा.पिटर अंकुश, फा.डेनीस बोर्जेस व फा.एडमंड डिसोझा यांनी मेनेजर म्हणून काम केले. त्यानंतर १९९९ तो सन २००१ पर्यंत श्री. बनसोडे सर यांनी काम पाहिले. याकाळात फा. जॉन डीक्रूस मेनेजर होते. त्यानंतर सन २००१ ते २००५ पर्यंत पी.एम.पवार सर मुख्याधापक म्हणून कार्यरत होते. सन २००५ ते सन २०१२ पर्यंत श्री.बी.जी.पारधे सर मुख्याधापक होते. फा. डीक्रूस यांचनंतर फा. जेकब गायकवाड, फा. प्रकाश भालेराव हे मेनेजर होते.

सन २०१२ पासून प्रभारी मुख्याध्यापिका म्हणून सिस्टर शेला पंडीत ह्या या पदाची धुरा समर्थपणे सांभाळत आहेत. सध्या सिस्टर शेला दिर्घ मुदतीच्या रजेवर गेल्यामुळे जून २०१८ पासून प्रभारी मुख्याध्यापिका म्हणून सो.मार्टीना लाजारस केदारी हे काम पाहत आहेत. सध्या फा. सायमन शिनगारे मेनेजर म्हणून काम पाहत असून, त्यांच्या मार्गदर्शनानुसार शाळेची प्रगती होत आहे.

सेंट मेरी संगमनेर मिशनला व सेंट मेरी स्कूलला १२५ वर्ष पूर्ण झाली आहेत. अविरत व अखंडपणे १२५ वर्षे येशुसंघीय मिशनरी यांनी येथे कार्य केले असून, शाळेचे नाव प्रकाश झोतामध्ये आणले आहे. संगमनेरमधील एक आदर्श शाळा म्हणून या शाळेकडे पाहिले जाते.